工藤新一变回小孩后，成为江户川柯南，寄居在小兰家，与毛利小五郎一起追查黑衣人犯罪团伙，并组织少年侦探团向罪犯宣战。

工藤新一变回小孩，成为间谍武器，隐姓埋名追查黑衣人犯罪团伙，寻找解药。